Genauso wie jede andere Therapieform, hat auch die Osteopathie bestimmte Grenzen.
Beispielsweise behandelt ein Osteopath keine ansteckenden Infektionskrankheiten wie Kinderkrankheiten, Tuberkulose, Geschlechtskrankheiten oder derartiges, da diese meldepflichtig sind in die Hand des Arztes gehören.
Ebenso wenig fallen „Läsionen“ (schwerwiegende Verletzungen) in sein Gebiet, bei denen Gewebe irreparabel beschädigt wurde. Hierunter zählen z.B. Brüche, Risse, offene Wunden, Krebserkrankungen und ähnliches. Es bleibt allerdings allein Entscheidung des Patienten, ob er als Begleitung oder Unterstützung zu einer adäquaten Therapie einer solchen Erkrankung, die Hilfe eines Osteopathen in Anspruch nehmen will. Hierbei wird der Patient als Ganzes behandelt und nicht die Erkrankung an sich.
Eine weitere Grenze der Osteopathie stellt die Mitarbeit des Patienten dar. Wenn jemand absolut nicht behandelt werden will, oder nicht bereit ist, selbst zur Therapie beizutragen, kann es sein, dass sich selbst der beste Osteopath „die Zähne ausbeißt“. Der Therapeut kann zwar eine gute Hilfestellung geben und optimale Voraussetzungen schaffen, aber Gesundheit kann der Körper nur selbst finden.